Markus Fennert studierte Schauspiel am Zinner Studio in München und ist seit über 30 Jahren als Schauspieler und Regisseur tätig. Engagements führten ihn beispielsweise an die Münchner Kammerspiele, das DNT Weimar, das Schauspielhaus Zürich und die Shakespeare Company in Berlin. Auch auf den Bühnen der Stadttheater Marburg, Konstanz, Potsdam, Osnabrück und Fürth war er zu sehen. Als Regisseur inszenierte er zuletzt am Theater Rudolstadt die Komödie „Der Vorname“, den Heinz-Erhardt-Abend „Danke für das Geräusch“ und „Das Original“ von Stephen Sachs. In den letzten Jahren arbeitete er auch vermehrt als Hörbuch-Sprecher, so zum Beispiel in der Hörverlag-Produktion „Die Geschichte der Bienen“. Markus Fennert wirkte in Erfurt in mehreren Inszenierungen des Neuen Schauspiels mit, unter anderem als Narr in Shakespeares „Wie es euch gefällt“ und als Lady Bracknell in Oscar Wildes „Bunbury“.
2018 brillierte er als Klaus Zettel im Erfolgsstück der SommerKomödieErfurt „Ein Sommernachtstraum“ in der Regie von Sasha Mazzotti.